Die Stiftung wurde am 8. Oktober 1997 in Riehen bei Basel eingeweiht.  Das neue Museum wurde in 3 Teilen von Renzo Piano, Architekt aus Genua der auch das Centre Pompidou in Paris und das Museum Paul Klee in Bern realisiert hat. Eine Erweiterung des Museums wurde im Jahr 2000 eingeweiht. Das ganze Museum wurde von der Fondation finanziert, die in 1982 von der Familie Beyeler gegründet wurde.